呼吸道感染分为上呼吸道感染和下呼吸道感染。
不同部位的感染病原菌差异较大，上呼吸道感染多以病毒为主，下呼吸道感染病原菌多样，选择合适的标本尤为重要，因为标本很容易受到口咽部菌群的污染，导致检测结果与临床不符，误导临床诊断与治疗。
一、咽拭子标本
咽拭子标本仅用于诊断上呼吸道感染，常规仅报告A群链球菌。
1. 临床采样指征
突发的咽痛、扁桃体肿大、颈部或颌下淋巴结肿痛，常伴有发热，通常无咳嗽和明显的鼻溢。
Centor标准可作为A群链球菌上呼吸道感染的临床预测指标。
标准包括下列4项内容：
扁桃体脓性渗出
颈部或颌下淋巴结肿大伴压痛
发热
无咳嗽
对符合3条或以上的成人患者建议进行咽拭子培养。
2. 标本采集
嘱患者张口发" 啊" 音，以暴露咽喉部，必要时用压舌板；
取出咽拭子中的无菌长棉签，快速擦拭两侧腭弓和咽、扁桃体的分泌物，扁桃体有脓点时最好挤破脓点并采集脓性物，将棉签插入运送管，盖紧送检。
3. 标签和申请单
申请单除应包括患者基本信息外，注明患者的临床诊断、症状、是否使用了抗菌药物、检测目的，一定要注明标本采集时间。
标本盒上的标签要求有唯一标识号或条码，注明标本采集时间、检测目的。
4.标本运送
咽拭子标本的运送宜采用带保湿功能的运送培养基或者保存液，避免由于送检时间过长而干燥。如未采用运送培养基，应于0.5h内送检。
即使采用运送培养基，室温保存也不应超过24h。
二、痰液标本
痰培养仅用于下呼吸道感染，主要是肺部感染的诊断。
但它不是诊断肺部感染的最佳标本。
血培养、肺泡灌洗液或经气管吸取物的培养结果更加准确。
痰标本不能进行厌氧菌培养。
痰标本采集前，要判断患者是否有能力配合完成深部咳痰。要向患者充分说明口腔清洁、深咳、避免口咽部菌群污染的意义，指导患者如何正确留取痰标本。
患者应在医生或护士直视下留取痰液标本。
实验室要建立痰标本的质量控制流程，对于被口咽部菌群污染的标本，要予以拒收，并建议临床再次采集合格标本送检。
1. 临床采样指征
咳嗽、脓性痰，伴有发热，影像学检查出现新的或扩大的浸润影；
气道开放患者，出现脓痰或血性痰；
考虑下呼吸道感染患者采集痰液标本，同时送血培养标本。
2. 采集要求
由于肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等苛养菌是最常见的肺部感染病原体，标本盒内细菌在室温环境下很容易自溶死亡，如不能在采集标本后2h内接种将明显影响检出率。
因此痰标本的采集时机十分关键，应严格遵循以下原则采集标本：
争取首剂抗菌药物治疗使用前及更换抗菌药物前采集。
标本采集后保证2h内送达实验室并得到接种。
只要有可能得到合格的痰标本，应马上采集、送检。
宜在医护人员直视下留取合格痰标本。
送检痰标本后三天内不主张再次送检。
3. 标本采集
采集前准备无菌杯（螺口、有盖、密封）、清水。并向患者提供口头及书面采样指导，以保证患者充分理解口腔清洁、深咳、避免口咽部菌群污染的意义和方法。
用清水漱口2-3 次，有假牙者应先取下假牙；再用力咳嗽咳出深部痰液。
将痰液咳入无菌杯内。
盖好并拧紧杯盖，尽快送达实验室。
4. 标签及申请单
申请单除应包括患者基本信息外，注明患者的临床诊断、症状、是否使用了抗菌药物、检测目的，标识是普通培养、抗酸杆菌还是真菌培养。
一定要注明标本采集时间。
标本盒上的标签要求有唯一标识号或条码，注明痰标本采集时间和检测目的。
5. 标本运输
标本采集后需尽快送到实验室，不能超过2h。不及时运送可导致肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等苛养菌由于不适应外界环境和自溶现象而死亡。
不能及时送达或待处理标本应置于4 ℃ 冰 箱 保 存（疑为肺炎链球菌和流感嗜血杆菌等苛养菌不在此列），以免杂菌生长。
但不能超过24h。
6. 实验室拒收标准
质量不合格标本：显微镜下细胞学检查发现标本受口咽部菌群污染。
合格痰标本鳞状上皮细胞＜10个/低倍视野，白细胞＞25个/低倍视野，或白细胞与鳞状上皮细胞的数量比值＞2.5。
无标签或标签贴错。
标识信息不明，未提供采集时间及送检目的等。
超过２ｈ送达实验室，且未正确保存的标本。
运送容器有渗漏。
同一天同一项目重复送检的痰标本。
三、支气管镜－肺泡灌洗液（BALF）
采集肺泡灌洗液进行检测，可减少口咽部菌群的污染，提高检测结果的准确性。须做定量或半定量接种培养。
1. 临床采样指征
对于疑似肺炎患者，若有机会进行气管镜检查，则可同时采集肺泡灌洗液进行培养。不能进行深部咳痰的患者，也可考虑通过气管镜获取标本。
2. 标本采集
患者咽喉局部麻醉后，导入纤维支气管镜。
通过纤维支气管镜对病灶所在支气管以下肺段或亚肺段水平，用37 ℃或室温无菌生理盐水多次灌洗，每次注入20-60 ml（常规进行4-5 次），直到总共灌洗100-300 ml，并充分吸引回收，从回收液中取出10ml标本，放入无菌管中，旋紧盖子，即刻送达实验室。
3. 标签及申请单
申请单除应包括患者基本信息外，注明患者的临床诊断、症状、是否使用了抗菌药物、检测目的，标识是普通培养、抗酸杆菌还是真菌培养。
一定要注明标本种类为肺泡灌洗液，以及采集时间。
无菌管上的标签要求有唯一标识号或条码，注明标本采集时间、检测目的。
4. 标本运输
标本采集后需尽快送到实验室，不要冷藏标本。
5. 实验室拒收标准
无标签或标签贴错。
标识信息不明，未提供采集时间及送检目的等。
无菌管无盖子，有污染可能。
未及时送至实验室的标本。
运送容器有渗漏。
四、气道吸取标本
1. 临床采样指征
有气管插管或气管切开等人工气道患者，无法自行咳痰，可通过吸痰管从气道吸取标本。
2. 标本采集
通过气管内插管将一次性无菌吸痰管推进呼吸道直至遇到阻力后开始抽吸，留取标本在吸痰杯内。
3. 标签及申请单
每个标本都应在申请单上详细填写患者姓名、病历号、采集日期时间、诊断、检验项目等。
在标本上粘贴条码，条码中应包括患者姓名、病历号、采集时间等。
标本标识要求有唯一标识号或条码。
4. 标本运输
标本采集后需尽快送到实验室，不能超过2h。未及时运送可导致肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等苛养菌由于不适应外界环境和自溶现象而死亡；
不能及时送达或待处理标本应置于4 ℃冰箱保存（疑为肺炎链球菌和流感嗜血杆菌等苛养菌不在此列），以免杂菌生长。但不能超过24h；
对可疑烈性呼吸道传染病（SARS、肺炭疽、肺鼠疫等）的患者标本，在采集、运送或保存过程中应注意生物安全保护。
5. 实验室拒收标准
无标签或标签贴错。
标识信息不明，未提供采集时间等。
超过2h送达实验室，且未正确保存的标本。
运送容器选择不当或有渗漏。
同一天同一项目重复送检。
